בחיל-האוויר
עלה והתקדם מתפקיד לתפקיד: ב-1953 - טייס מטאור; ב-1955 - טייס אורגאן; ב-1956 עבר
קורס הסבה למיסטר; באוגוסט 1960 התמנה למפקד טייסת מיסטר.
תפקידו המבצעי האחרון
של ג'ו אלון היה פיקוד על טייסת המיראז'ים הראשונה של צה"ל. ב-1965,
לאחר שנה באנגליה בקורס פיקוד ומטה, הועבר ג'ו אלון למטה חיל-האוויר וקיבל את הפיקוד
על ענף בטיחות טיסה. פיסגת
שירותו הצבאי של ג'ו אלון היתה הקמת בסיס חיל-האוויר "חצרים" בנגב והפיקוד
עליו. זהו הבסיס הישראלי הראשון שהוקם מן היסוד - ועליו היתה גאוותו. ג'ו
אלון היה ידוע באהבתו לארץ, לטיולים ולטבע. מידי שבת יצאה המשפחה לחיק הטבע, לראות
מקרוב פרחים ונופים מעניינים שאיתר ג'ו במהלך טיסותיו. ב-1970
מונה ג'ו לנספח האווירי בשגרירות ישראל בוושינגטון.
אחד הדברים שאהב ג'ו בתפקידו,
הוא ההרצאות בפני בני-נוער יהודים, ואלה, מצידם, החזירו לו אהבה רבה. ב-1
ביולי 1973, כחודש לפני סיום תפקידו בארה"ב, נרצח ג'ו אלון בפתח ביתו במרילנד.
תעלומת
מותו לא נפתרה עד היום...
ג'ו
אלון ז"ל הותיר אשה ושלוש בנות. אלמנתו, דבורה ז"ל, נפטרה ב-1995. הדרך
מבאר-שבע לחצרים נקראת על שמו "דרך ג'ו אלון". שמו
של ג'ו אלון הונצח ב"מרכז ג'ו אלון" - קומפלקס של מוזיאונים ומכונים העוסקים
בתחומי החברה, התרבות, הסביבה והאמנות, לצד מרכז תיירותי המציע מגוון פעילויות רחב
וייחודי. האהבה
לנוף, לטבע ולאדם, שהיו טבועים בג'ו אלון, באים לידי ביטוי כאן, במרכז שהוקם על-שמו. יהי
זכרו ברוך. | 
